Struktur organisasi Kementerian Agama Kabupaten Kediri terdiri dari:
1. Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Kediri.
2. Sub Bagian Tata Usaha.
3. Seksi Pendidikan Madrasah.
4. Seksi Pendidikan Agama Islam.
5. Seksi Bimas Islam.
6. Seksi Penyelenggara Haji dan Umrah.
7. Seksi Urusan Agama Hindu, Katolik, Kristen, Buddha, dan Khonghucu.
8. Kelompok Jabatan Fungsional.